Durante la rivoluzione Francese anche le comunità delle Suore di San Giuseppe furono soppresse e disperse; alcune suore, arrestate e condannate a morte, subirono il martirio.
Dopo il periodo di persecuzione, agli inizi del 1800, la Congregazione risorse a Lione, nel 1808, per opera di una scampata al martirio, Madre Saint Jean Fontbonne.
Da Lione le suore di San Giuseppe si diffusero di nuovo in Francia, giunsero in altri paesi europei ( tra cui l'
Italia) e raggiunsero gli altri continenti. Diventarono congregazioni indipendenti l'una dall'altra perché dopo l'approvazione del vescovo della diocesi dipendevano direttamente da lui.
Da Lione nacque la Congregazione di Chambery, in Savoia. Da qui, nel 1821, per interessamento della marchesa Giulia Falletti di Barolo, le Suore furono chiamate a Torino e collaborarono anche in varie attività caritative istituite dalla marchesa
Sorsero in Piemonte altre Congregazioni di Suore di San Giuseppe:
• a Pinerolo nel 1825
• a Novara nel 1826
• ad Aosta nel 1831
• a Cuneo nel 1831
• a Susa nel 1867
Le Congregazioni di Torino, Novara e Susa nel 2006 con un Capitolo speciale si sono unite formando la nuova Congregazione "L'Istituto Suore di San Giuseppe" le cui costituzioni sono state approvate nel 2007.